Em 1992 pais e mães buscaram na igreja auxílio e orientação para casos de dependência química. Com o apoio da Província Franciscana, e através da Paróquia São Pedro Apóstolo de Pato Branco e do grupo de Oração Jovem Água Viva da R.C.C., iniciaram-se os trabalhos de acolhimentos de dependentes químicos, que logo foram estendidos para o auxílio a moradores de rua.

Hoje a entidade é referência no modelo de acolhimento e tratamento terapêutico na região sudoeste do Paraná e Oeste de Santa Catarina.
Com sua sede em Pato Branco, no Paraná, a Missão S.O.S conta com 36 mil metros quadrados e três casas de acolhimento com capacidade para mais de 60 pessoas.